啟動(dòng)“模式微生物基因組測(cè)序、數(shù)據(jù)挖掘及功能解析全球合作計(jì)劃”（GCM 2.0）：從微生物資源數(shù)據(jù)到實(shí)物資源的共享利用

模式菌株（type strains）是在給微生物定名、分類(lèi)記載和發(fā)表時(shí)，作為分類(lèi)概念的準(zhǔn)則，即以純菌（可繁殖）狀態(tài)所保存的菌種。模式菌株由于其參考性和唯一性，對(duì)微生物的鑒定、功能研究和大規(guī)模組學(xué)數(shù)據(jù)分析都具有重要的價(jià)值。目前已知的微生物模式菌株廣泛地分布在全球的保藏中心，已測(cè)序的微生物基因組還存在大量的空缺。通過(guò)對(duì)所有已知物種的模式菌株進(jìn)行組學(xué)數(shù)據(jù)解析，具有重大的科學(xué)意義和戰(zhàn)略意義。隨著測(cè)序成本降低和海量數(shù)據(jù)分析能力的提升，發(fā)起大規(guī)模的測(cè)序計(jì)劃，開(kāi)展以序列分析和功能挖掘?yàn)榛A(chǔ)的研究，已是大勢(shì)所趨。

2017?年?10?月，由中國(guó)科學(xué)院微生物研究所牽頭，聯(lián)合全球?12?個(gè)國(guó)家，共同發(fā)起了“模式微生物基因組測(cè)序、數(shù)據(jù)挖掘及功能解析全球合作計(jì)劃”（Global Catalogue of Microorganisms 10K Type Strain Sequencing Project）_。該計(jì)劃將在?5?年內(nèi)完成超過(guò)?10?000?種的細(xì)菌、真菌、古生菌模式菌株基因組測(cè)序，覆蓋目前已知的全部細(xì)菌、古菌模式菌株以及重要的真菌模式菌株，建立全球微生物模式菌株基因組和微生物組測(cè)序合作網(wǎng)絡(luò)，覆蓋超過(guò)?20?個(gè)國(guó)家的?30?個(gè)主要保藏中心，從全球微生物資源保藏中心選擇目前未進(jìn)行測(cè)序的模式微生物菌株，完成超過(guò)總體90%以上的微生物模式菌株的基因組測(cè)序。

作為中國(guó)牽頭的國(guó)際大科學(xué)計(jì)劃，該計(jì)劃將建立覆蓋全球主要合作伙伴，尤其是發(fā)展中國(guó)家的科技資源共享網(wǎng)，聚集全球微生物領(lǐng)域優(yōu)勢(shì)科技資源和頂尖科學(xué)人才，幫助解決領(lǐng)域基礎(chǔ)和前沿的重大科學(xué)問(wèn)題，也為《生物多樣性公約》履約和《名古屋議定書(shū)》中的生物資源跨國(guó)轉(zhuǎn)移及惠益分享機(jī)制等國(guó)際合作貢獻(xiàn)中國(guó)智慧和中國(guó)方案，充分體現(xiàn)了我國(guó)在微生物領(lǐng)域的科技創(chuàng)新競(jìng)爭(zhēng)力和國(guó)際引領(lǐng)的綜合能力。

思考與建議

積極提供數(shù)據(jù)增值服務(wù)，確保全球微生物資源數(shù)據(jù)合作計(jì)劃的順利實(shí)施

“全球微生物資源目錄合作計(jì)劃”（GCM 1.0）目前已經(jīng)有來(lái)自美國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、日本、中國(guó)、印度、越南、巴西等?46?個(gè)國(guó)家的?120?個(gè)國(guó)際微生物資源中心正式加入，40?萬(wàn)株微生物實(shí)物資源的信息匯集到中國(guó)團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)平臺(tái)。在這120?個(gè)國(guó)際微生物資源中心中，發(fā)達(dá)國(guó)家的和發(fā)展中國(guó)家的基本上各占一半。這么多發(fā)達(dá)國(guó)家和發(fā)展中國(guó)家的微生物資源保藏中心之所以向?WDCM?免費(fèi)提供他們的數(shù)據(jù)，是由于其開(kāi)發(fā)的微生物綜合大數(shù)據(jù)平臺(tái)，能夠針對(duì)發(fā)達(dá)國(guó)家和發(fā)展中國(guó)家的保藏中心提供各自所需的個(gè)性化增值服務(wù)。以歐洲最大的微生物資源保藏中心——德國(guó)微生物菌種保藏中心（Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH，DSMZ）為代表，當(dāng)他們把其保存的?3?萬(wàn)多微生物資源目錄的數(shù)據(jù)提交到?WDCM?的數(shù)據(jù)平臺(tái)后，我們可以通過(guò)開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)挖掘系統(tǒng)，清晰地了解全世界科學(xué)家和產(chǎn)業(yè)界在過(guò)去?30?年里使用?DSMZ?出售的菌種，撰寫(xiě)了多少科學(xué)論文，申請(qǐng)了多少?lài)?guó)際專(zhuān)利，產(chǎn)生了多少核酸序列數(shù)據(jù)，也就是說(shuō)我們可以告知?DSMZ?他們?cè)谶^(guò)去?30?年里為國(guó)際學(xué)術(shù)界做出了多大的貢獻(xiàn)。DSMZ?所長(zhǎng)在撰文描述他們?cè)谶^(guò)去幾十年的發(fā)展歷程時(shí)，也使用了我們提供的數(shù)據(jù)。以越南典型培養(yǎng)物保藏中心（Vietnam Type Culture Collection，VTCC）為代表的發(fā)展中國(guó)家保藏中心，通過(guò)加入?WDCM?這一全球合作計(jì)劃，可以方便地使用?WDCM?的大數(shù)據(jù)平臺(tái)，建立自己的對(duì)外主頁(yè)和網(wǎng)上菌種目錄數(shù)據(jù)庫(kù)；還可以通過(guò)?WDCM?這一全球化信息平臺(tái)把自己的菌株信息展示給全世界，提高自己的知名度，促進(jìn)全球微生物資源數(shù)據(jù)的共享。GCM 1.0?是國(guó)際微生物資源領(lǐng)域由我國(guó)倡導(dǎo)和實(shí)施并獲得廣泛響應(yīng)的國(guó)際合作計(jì)劃，摸索了一套整合全球微生物資源數(shù)據(jù)的有效機(jī)制，促進(jìn)了微生物資源數(shù)據(jù)的全球共享利用，也確立了我國(guó)在微生物資源數(shù)據(jù)共享方面的引領(lǐng)地位。